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                          首页>资料手册>计算软件
                          VASP 5.4.1+VTST编译安装
                          2017-03-30

                          中国科学技术大学超级计算中心 李会民<hmli@ustc.edu.cn>2017-03-29

                          原文:http://hmli.ustc.edu.cn/doc/app/vasp.5.4.1-vtst.htm

                          VTST(Transition State Tools for VASP)是VASP的过渡态工具,可以免费获?。?A _fcksavedurl="http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/index.html">http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/index.htmlyobet体育官网yobet体育官网。里面还有VTST Scripts: vtstscripts.tgz,安装时不需要,使用时需要。

                          VASP及VTST安装无需root权限yobet体育官网,普通用户即可安装。

                          1. 解压缩VASP源码包:
                            tar xvf vasp.5.4.1.tar.bz2
                            解压缩后的目录为vasp.5.4.1yobet体育官网。
                          2. 进入vasp.5.4.1目录:
                            cd vasp.5.4.1
                          3. 查看vasp.5.4.1目录下有何内容:
                            ls -l
                            输出类似:
                            drwxr-xr-x 2 hmli nic  4096 3月  29 08:17 arch
                            drwxr-xr-x 2 hmli nic  4096 3月  29 08:16 bin
                            drwxr-xr-x 2 hmli nic  4096 2月  26 20:59 build
                            -rw-r--r-- 1 hmli nic   371 9月  30 11:51 makefile
                            -rw-r--r-- 1 hmli nic 12263 9月  30 11:51 README
                            drwxr-xr-x 4 hmli nic 20480 9月  30 11:51 src
                            查看说明:
                            more README
                            从说明中我们得知从5.4.1开始目录结构及编译方式变化为如下方式:
                            vasp.X.X.X (root directory)
                                                  |
                               ---------------------------------------
                              |              |          |             |
                             arch           bin       build          src
                                                                      |
                                                                 ----------
                                                                |          |
                                                               lib       CUDA
                            说明:
                            • vasp.X.X.X:解压缩后的根目录
                            • arch:针对不同架构的Makefile模板,如里面含有makefile.include.linux_intel
                            • bin:编译后的可执行程序文件
                            • build:编译时自动复制src目录内源码后执行编译的目录
                            • src:源码目录
                            • lib:库目录yobet体育官网,对应以前的vasp.lib目录
                            • CUDA:GPU CUDA代码目录
                          4. 设置VTST:
                              下载:
                              wget http://theory.cm.utexas.edu/code/vtstcode.tgz
                              解压缩:
                              tar xvf vtstcode.tgz
                              之后会生成vtstcode-171目录,此目录内包含以下文件:
                              bbm.F
                              bdr_changes
                              bfgs.F
                              cg.F
                              chain.F
                              dimer.F
                              dynamic.F
                              dynmat.F
                              fire.F
                              instanton.F
                              lanczos.F
                              lbfgs.F
                              mkbdrpro.pl
                              neb.F
                              opt.F
                              qm.F
                              sd.F
                              vasp-5.3.2-main.patch
                              vasp-5.3.2-mpmd.patch
                              vasp-5.4.1-mpmd.patch
                            根据官方安装说明http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/installation.html
                            • 需要将这些文件复制到src目录中:
                              • 因为src目录下存在chain.F,建议先备份chain.F(可?。?
                                cp src/chain.F src/chain.F-org
                              • vtstcode-171目录下文件复制到src下:
                                cp vtstcode-171/* src/
                            • 修改src/main.F源码:

                              将(第3233行)

                              CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
                                   LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)

                              变为(注意后两行):

                              CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
                                    TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
                              !     LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
                            • 修改编译配置src/.objectsyobet体育官网yobet体育官网,在chain.o前(大概第67行)添加如下内容:
                              bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \
                              fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o \
                            注意\后不能有空格。
                          5. 查看所用的编译器:
                            which ifort
                            输出类似:
                            /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/intel64/ifort
                            如显示不存在,那么可以类似下面设置下Intel编译器环境(具体路径与你所使用的系统有关):
                            . /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/compilervars.sh intel64
                          6. 查看Intel MKL环境:
                            echo $MKLROOT
                            输出类似:
                            /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl
                            如显示不存在,那么可以类似下面设置下Intel MKL环境(最好与编译器版本一致):
                            . /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/bin/mklvars.sh intel64
                          7. 查看Intel MPI环境(最好与编译器版本一致):
                            which mpiifort
                            如显示不存在,那么可以类似下面设置下Intel MPI环境:
                            . /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh intel64
                            查看是否存在/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.ayobet体育官网,如没存在yobet体育官网,那么可以在自己目录下编译生成libfftw3xf_intel.a
                            mkdir -p ~/local/interfaces
                            cp -a /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/interfaces/fftw3xf ~/local/interfaces
                            cd ~/local/interfaces/fftw3xf
                            make libintel64
                            顺利的话,将在此目录下生成libfftw3xf_intel.a。
                          8. 采用arch/makefile.include.linux_intel做为模板(在vasp.5.4.1目录下,未考虑CUDA):
                            cp arch/makefile.include.linux_intel makefile.include
                          9. 修改makefile.include

                            必要时修改OBJECTS那,将

                            $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a
                            修改为(假如使用~/local/interfaces/fftw3xf):
                            $(HOME)/local/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a

                            其它参数,请见VASP官方说明。

                          10. 为防止以前编译好的.o和.a文件与新修改的编译配置冲突,建议清除以前编译文件:
                            make veryclean
                          11. 执行编译,可以默认编译或分开编译:
                            • 默认编译(将编译生成std、gam和ncl版):
                              make
                            • 分开编译:
                              • 编译标准std版:
                                make std
                              • 编译gamma-only版:
                                make gam
                              • 编译non-collinear版:
                                make ncl

                            编译完成后将在bin目录下生成对应的版本的可执行程序:vasp_gamyobet体育官网、vasp_nclyobet体育官网、vasp_std。

                          12. 错误处理:

                            如果有错,请注意看错误信息,然后根据信息进行处理。

                          Copyright 2009 中国科学技术大学超级计算中心 All Rights Reserved
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