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    VASP 5.4.1+VTST编译安装
    2017-03-30

    中国科学技术大学超级计算中心 李会民<hmli@ustc.edu.cn>2017-03-29

    原文:http://hmli.ustc.edu.cn/doc/app/vasp.5.4.1-vtst.htm

    VTST(Transition State Tools for VASP)是VASP的过渡态工具,可以免费获?。?A _fcksavedurl="http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/index.html">http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/index.html亚博app下载苹果亚博app下载苹果。里面还有VTST Scripts: vtstscripts.tgz,安装时不需要,使用时需要。

    VASP及VTST安装无需root权限亚博app下载苹果,普通用户即可安装。

    1. 解压缩VASP源码包:
      tar xvf vasp.5.4.1.tar.bz2
      解压缩后的目录为vasp.5.4.1亚博app下载苹果。
    2. 进入vasp.5.4.1目录:
      cd vasp.5.4.1
    3. 查看vasp.5.4.1目录下有何内容:
      ls -l
      输出类似:
      drwxr-xr-x 2 hmli nic  4096 3月  29 08:17 arch
      drwxr-xr-x 2 hmli nic  4096 3月  29 08:16 bin
      drwxr-xr-x 2 hmli nic  4096 2月  26 20:59 build
      -rw-r--r-- 1 hmli nic   371 9月  30 11:51 makefile
      -rw-r--r-- 1 hmli nic 12263 9月  30 11:51 README
      drwxr-xr-x 4 hmli nic 20480 9月  30 11:51 src
      查看说明:
      more README
      从说明中我们得知从5.4.1开始目录结构及编译方式变化为如下方式:
      vasp.X.X.X (root directory)
                            |
         ---------------------------------------
        |              |          |             |
       arch           bin       build          src
                                                |
                                           ----------
                                          |          |
                                         lib       CUDA
      说明:
      • vasp.X.X.X:解压缩后的根目录
      • arch:针对不同架构的Makefile模板,如里面含有makefile.include.linux_intel
      • bin:编译后的可执行程序文件
      • build:编译时自动复制src目录内源码后执行编译的目录
      • src:源码目录
      • lib:库目录亚博app下载苹果,对应以前的vasp.lib目录
      • CUDA:GPU CUDA代码目录
    4. 设置VTST:
        下载:
        wget http://theory.cm.utexas.edu/code/vtstcode.tgz
        解压缩:
        tar xvf vtstcode.tgz
        之后会生成vtstcode-171目录,此目录内包含以下文件:
        bbm.F
        bdr_changes
        bfgs.F
        cg.F
        chain.F
        dimer.F
        dynamic.F
        dynmat.F
        fire.F
        instanton.F
        lanczos.F
        lbfgs.F
        mkbdrpro.pl
        neb.F
        opt.F
        qm.F
        sd.F
        vasp-5.3.2-main.patch
        vasp-5.3.2-mpmd.patch
        vasp-5.4.1-mpmd.patch
      根据官方安装说明http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/installation.html
      • 需要将这些文件复制到src目录中:
        • 因为src目录下存在chain.F,建议先备份chain.F(可?。?
          cp src/chain.F src/chain.F-org
        • vtstcode-171目录下文件复制到src下:
          cp vtstcode-171/* src/
      • 修改src/main.F源码:

        将(第3233行)

        CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
             LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)

        变为(注意后两行):

        CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
              TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
        !     LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
      • 修改编译配置src/.objects亚博app下载苹果亚博app下载苹果,在chain.o前(大概第67行)添加如下内容:
        bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \
        fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o \
      注意\后不能有空格。
    5. 查看所用的编译器:
      which ifort
      输出类似:
      /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/intel64/ifort
      如显示不存在,那么可以类似下面设置下Intel编译器环境(具体路径与你所使用的系统有关):
      . /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/compilervars.sh intel64
    6. 查看Intel MKL环境:
      echo $MKLROOT
      输出类似:
      /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl
      如显示不存在,那么可以类似下面设置下Intel MKL环境(最好与编译器版本一致):
      . /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/bin/mklvars.sh intel64
    7. 查看Intel MPI环境(最好与编译器版本一致):
      which mpiifort
      如显示不存在,那么可以类似下面设置下Intel MPI环境:
      . /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh intel64
      查看是否存在/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a亚博app下载苹果,如没存在亚博app下载苹果,那么可以在自己目录下编译生成libfftw3xf_intel.a
      mkdir -p ~/local/interfaces
      cp -a /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/interfaces/fftw3xf ~/local/interfaces
      cd ~/local/interfaces/fftw3xf
      make libintel64
      顺利的话,将在此目录下生成libfftw3xf_intel.a。
    8. 采用arch/makefile.include.linux_intel做为模板(在vasp.5.4.1目录下,未考虑CUDA):
      cp arch/makefile.include.linux_intel makefile.include
    9. 修改makefile.include

      必要时修改OBJECTS那,将

      $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a
      修改为(假如使用~/local/interfaces/fftw3xf):
      $(HOME)/local/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a

      其它参数,请见VASP官方说明。

    10. 为防止以前编译好的.o和.a文件与新修改的编译配置冲突,建议清除以前编译文件:
      make veryclean
    11. 执行编译,可以默认编译或分开编译:
      • 默认编译(将编译生成std、gam和ncl版):
        make
      • 分开编译:
        • 编译标准std版:
          make std
        • 编译gamma-only版:
          make gam
        • 编译non-collinear版:
          make ncl

      编译完成后将在bin目录下生成对应的版本的可执行程序:vasp_gam亚博app下载苹果、vasp_ncl亚博app下载苹果、vasp_std。

    12. 错误处理:

      如果有错,请注意看错误信息,然后根据信息进行处理。

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